當山稱為多寶富士大日蓮華山大石寺,正應三年(1290)十月,由宗祖日蓮大聖人之法嫡 第二祖白蓮阿闍梨日興上人所開創。大石寺的寺號是由大石之原的地名而來。開基檀那則是當地的地頭 南条七郎次郎時光。
 日興上人是於弘安五年(1282)接受大聖人一切的付囑,大聖人入滅之後,就任身延山久遠寺之別當職(住持)。
 但是數年之後,身延地頭波木井實長受到民部阿闍梨日向的唆使,漸漸犯下謗法的行為。為師的日興上人雖然再三諫諭,但波木井實長完全不改其謗法。
 因此日興上人依照大聖人預先交代的「地頭不法時我亦不住」之遺言,最後決心捧持著宗旨之根本的本門戒壇之大御本尊、大聖人之骨灰等一切重寶,於正應二年(1290)春,離開身延之山。接著,應大聖人在世時的強信者 南条時光的邀請,遷往富士。於隔年的正應三年(1291)建立大石寺,安置本門戒壇之大御本尊,並培養眾多的弟子,構築宗門萬代的基礎。
 自此之後,由日興上人至三祖日目上人,由日目上人至第四世日道上人,如一器之水注入一器地血脈相承,法燈連綿至現在的第六十八世日如上人。
 日蓮正宗總本山大石寺,才是唯一將宗祖日蓮大聖人之教義正確傳承至今,真正救濟世界民眾的根本道場。